Promis à une belle carrière en France, François choisit plutôt d’œuvrer en pays de mission. D’abord destiné pour le Tonkin, il fut enfin choisi pour organiser l’Église naissante au Canada, pays ayant peu de ressources et où tout est à faire. Il y consacra 50 ans de sa vie et voulut y mourir.

Comment assurer le service auprès des fidèles, lorsqu’ils sont éparpillés sur un grand territoire et trop pauvres pour pourvoir aux besoins du clergé? L’idée de génie de François, c’est le Séminaire de Québec. Cette société de prêtres séculiers avait pour mission de former, à partir de cette jeune colonie, « des sujets pieux et capables pour les envoyer à toutes rencontres »; de fournir des curés « amovibles, révocables et destituables » pour desservir les campagnes; enfin, d’assurer l’entretien de ces prêtres toute leur vie durant par la mise en commun de tous leurs biens.

Personne n’échappait à sa sollicitude. François n’hésitait jamais à soutenir les plus démunis et à protéger les intérêts des communautés. De plus, il lutta toute sa vie pour la dignité des peuples amérindiens, en s’opposant aux commerçants qui les exploitaient par la traite de l’eau-de-vie « pour tirer d’eux des castors ». C’est en reconnaissance de cette œuvre que les Hurons le nommèrent Hariaouagui, l’homme de la grande affaire du salut.

François donnait son temps, son attention et ses biens sans compter. Il aidait les sœurs hospitalières « dans les tâches les plus basses », n’hésitait pas à prêter son unique jardinier et se privait de bien des choses afin de pouvoir distribuer chaque année des tissus et des vêtements pour les pauvres. « Il me dit d’une manière fort triste et fort touchante qu’il ne pourrait pas vivre longtemps s’il n’avait pas de quoi donner aux pauvres. »

Pour avoir un pays prospère, il faut éduquer les gens locaux à faire tous les métiers. François fonda donc le Petit Séminaire pour éduquer les garçons voués à la prêtrise, développa l’enseignement primaire dans les campagnes, soutint de ses encouragements les écoles des Jésuites, des Ursulines et de la Congrégation de Montréal et créa la Grande Ferme, où les jeunes étaient initiés les travaux des champs.

Dans le régime seigneurial du 17e siècle, les revenus provenaient principalement des terres cultivées. François fit l’acquisition des grandes seigneuries de la côte de Beaupré et de l’île d’Orléans, dans le seul intérêt de financer les nombreuses constructions nécessaires pour attirer des colons au Canada (et les y garder!), tels des moulins, des fours communaux, des églises, des écoles, etc.

La vie était difficile et dangereuse au Canada. Les froids intenses, les grandes distances à parcourir, la guerre avec les Iroquois, les incendies, le manque de ressources financière et humaine, les médisances de certains gouverneurs; rien ne pouvait le décourager! François gardait confiance, reconstruisait et se relevait de chaque épreuve.

Si « la langue est nécessaire pour agir avec les Autochtones, c’est toutefois une des moindres parties d’un bon missionnaire, de même que, dans la France, de bien parler français n’est pas ce qui fait prêcher avec fruit ». Pour François, les babines devaient toujours suivre les bottines! En homme cohérent, il conseillait de « n’avoir rien dans notre vie et dans nos mœurs qui paraisse démentir ce que nous disons » puisque « les bons exemples persuadent plus efficacement que les paroles ».